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新冠肺炎(COVID-19)世界各國疫情持續，民眾接受新冠病毒核酸檢測(PCR)的機會大增。不論商務出國、住院就診陪病、工作洽公需求、健康感染疑慮等狀況，都須向醫院預約PCR檢測。在等待檢測的過程，民眾無不希望與旁人保持社交距離，避免產生採檢群聚疑慮。

符合民眾期待，奇美醫學中心規劃三處「篩檢站」，讓不同屬性需求的族群分流預約，在座落不同地點的「篩檢站」分艙接受PCR檢測。雖然人力負擔加重不少，但落實分流分地PCR採檢，讓受檢民眾更安心，避免排隊群聚，也讓檢測的過程更節省時間。民眾可依三處篩檢站屬性不同依需要預約運用，第一醫療大樓戶外疫病篩檢診，受檢者為有旅遊活動史且有症狀者。第二醫療大樓出入境篩檢診為開放民眾自費檢驗。至於第二及第五大樓間天橋及2樓外庭園可讓住院病人和陪病者持檢驗單採檢。民眾可由網路預約採檢，以免撲空。

為減輕需自費PCR民眾的負擔，奇美醫學中心響應中央疫情指揮中心公告衛福部部立醫院自費新冠病毒核酸檢測(PCR)降低收費；奇美醫學中心7月1日起自費PCR費用亦降為常規每人次3,500元、急件每人次4,500元計收。

奇美醫療體系(奇美醫學中心、柳營奇美醫院、佳里奇美醫院)除了前述落實分艙分流分地採檢新冠肺炎核酸檢驗之外，奇美醫學中心並與工研院合作建置「貨櫃組合式微負壓高通量全自動核酸檢測實驗室」，能獨立執行完整的一站式病毒檢驗，提升大臺南地區的檢驗量能，並確保醫療人員及受檢者安全快速檢驗流程。